Contabilmente quando si verifica una differenza inventariale questa viene annotata, con un'operazione di rettifica, nelle scritture contabili di magazzino, ma non in contabilità generale in quanto a fine anno le rimanenze finali saranno semplicemente contabilizzate al loro valore effettivo, quindi al netto di quelle differenze.
Dal punto di vista fiscale valgono alcune presunzioni legali di acquisto e di cessione ai fini Iva e ai fini delle imposte dirette. In particolare, c'è una presunzione di cessione per “i beni che sono stati acquistati, importati o prodotti che non si trovano nei luoghi in cui il contribuente svolge le proprie operazioni”.
Le presunzioni in questione scattano quanto ci sono differenze inventariali tra le rimanenze registrate e le scritture contabili di magazzino o la documentazione obbligatoria emessa e ricevuta e possono scattare anche in seguito a controlli fiscali in cui venga effettuata una conta fisica dei beni all'atto dell'accesso ai locali aziendali (tuttavia in quest'ultimo caso le presunzioni valgono solo per l'esercizio in cui è stata effettuata la conta e non per quelli precedenti).
La presunzione non opera se il contribuente dimostra che i beni sono stati impiegati per la produzione, perduti o distrutti o sono stati consegnati a terzi (in lavorazione, deposito, comodato, ecc.).
La prova contraria della prima fattispecie deve essere basata su documentazione fornita dalla P.A. (es....